Nach Norden und Süden könnten die folgenden Verbindungen angeboten werden, die bereits heute mit dem bisherigen Flensburger Bahnhof bestehen, jedoch schneller und häufiger als bisher.
- schneller Intercity von Aarhus nach Hamburg (und umgekehrt) über Weiche auf dem sogenannten Jütlandkorridor
- 8x statt 2x täglich
- Mit diesem Zug ist es möglich, in etwa 1 Stunde und 45 Minuten und ohne Umsteigen in Neumünster nach Hamburg zu gelangen.
- Regionalexpress von/nach Neumünster/Hamburg über ZOB – Exe – Weiche (Ausbaustufe 1: nur über ZOB – Weiche)
- Intercity von/nach Fredericia (mit Anschluss nach Kopenhagen) über ZOB – Exe – Cittipark (Ausbaustufe 1: über Weiche)