Der Flensburger Bahnhof liegt südlich der Innenstadt, knapp 1,5 km vom ZOB entfernt.
In wenigen Minuten sind fußläufig zu erreichen:
- Der Ortsteil Rude
- Das Hauptpostamt
Der Bahnhof ist in diesem Konzept Teil folgender Verbindungen:
- Regionalexpress von und nach Flensburg-ZOB, Kiel und Niebüll
- S-Bahn: Linie 2
Darüber hinaus kann der Bahnhof als Notfallreserve bei Störungen auf der Hafenbahn (z.B. Sturmschäden oder Brückenarbeiten) eingesetzt werden. Außerdem bietet er sich mit seinen Gleiskapazitäten an, um die Züge zu reinigen, zu warten oder aufzuladen.